龙圣寺始建于唐代。相传唐玄宗先天元年(713),有一行禅师云游到此,悦其地处海陬,香泉流洒,钵峰丽迤,环境优美,遂结茅为居,起名崇信寺。至唐显庆年间,有毒龙出没,怪幻百状。宋青了禅师改山引水成巨龙态,盘旋龙圣寺周围,以制蛟龙,后人称奇叹绝。
到宋仁宗天圣元年(1023),龙圣寺旁建有乌龙宫,祈雨祈福,香火极盛。经元、明、清,崇信寺和乌龙宫屡废屡兴。
民国廿三年(1934),当地绅士邀请雁荡灵岩一法师进驻琴山。
民国廿五年(1936),上呈报告,批赐为龙圣寺。
1997年,龙圣寺住持与周围五村在琴山共建九层千佛塔,之后又在龙圣宫中修建了大雄宝殿和三宝佛殿,雄伟的殿宇雕梁画栋,飞檐翘角,掩藏于苍翠之中。